Trường THCS Bình Mỹ nằm bên dòng sông Hậu, một nhánh sông Cửu Long. Kể từ năm 1972, trường Trung học tỉnh hạt Bình Mỹ được hình thành. Qua nhiều lần thay tên, thay đổi địa điểm, tách nhập. Đến năm 2003, trên cơ sở tách học sinh THCS ra từ trường THPT Bình Mỹ, trường THCS Bình Mỹ được thành lập trở lại theo quyết định số 504/QĐ-UB ngày 17 tháng 7 năm 2003 của UBND huyện Châu Phú. Trường tọa lạc trên địa bàn ấp Bình Trung, xã Bình Mỹ, là xã có mặt bằng kinh tế-xã hội khá thuận lợi so với các xã khác trong địa bàn của huyện. Kể từ khi có quyết định thành lập, cơ sở vật chất còn nhiều thiếu thốn chỉ có 8 phòng học không có phòng làm việc, phòng phục vụ, không có sân sinh hoạt. Năm đầu tiên thành lập, trường chỉ có 1 hiệu trưởng cùng 68 CB-GV-NV, Chi bộ Đảng có 9 đảng viên và với 1536 học sinh của 35 lớp. Trong hoàn cảnh khó khăn do chưa có đầy đủ phòng, phải đi học nhờ ở trường THPT Bình Mỹ. Tuy khó khăn, nhưng năm học đầu tiên thực hiện xuất sắc nhiệm vụ chính trị của địa phương trong công tác PCGD THCS đó là năm đầu tiên xã Bình Mỹ được công nhận đạt chuẩn PCGD THCS.